据航天科技专家介绍，神舟六号飞船在众多科学领域内创造了我国航天史上的第一次。

　　———第一次进行多人多天太空飞行试验。神舟一号到四号是无人驾驶太空飞行试验，神舟五号是一人一天的太空飞行试验，神舟六号是两人多天的太空飞行试验，为未来航天员在空间站生活和工作奠定了基础。
 
　　———第一次进入轨道舱。航天员首次往返轨道舱，进行了失重状态下的关闭返回舱门及检漏试验。“生命之门”连接返回舱与轨道舱，一旦两个舱室气压不同，舱门就无法开启，要么会被弹开，一旦撞到航天员身上可能造成伤害；同时，它的密封性至关重要，飞船返回前两舱分离，这个舱门必须严丝合缝地关闭，一旦舱门漏气，返回舱就会在几秒钟内变成真空，因此航天员进入轨道舱科学意义重大。

　　———第一次进行真正有人参与的空间科学试验。杨利伟在神舟五号上没有进行真正意义上的空间科学试验。这次费俊龙、聂海胜参与的空间科学试验包括：实施对地观测、海洋污染监测、大气状况监测、植被状况监测以及生物科学和材料科学的研究。

　　———第一次在太空生活中的创新：航天员完成压力服穿脱试验、吃上热食和复水食品、在“太空马桶”解手、喝上采自地下1700米的矿泉水、自测血压、在睡袋里睡眠、拍摄到首次在轨干扰力试验。

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